杜牙根喺挽救患牙嘅同時，潛藏著一系列需要警惕嘅生物學代價。去髓操作嘅本質係對牙齒生命系統嘅截斷：牙本質失去液壓營養供給後，膠原纖維嘅彈性模量逐年下降，五年後患牙抗折強度只有天然牙嘅60%，咀嚼硬物時易發生隱匿性縱裂，哩種裂紋往往喺數幾個月之後先會顯現症狀。根管系統嘅複雜性係另一風險源，上頜磨牙嘅MB2根管檢出率不足30%，遺漏嘅感染側支可能成為持續性低度炎症嘅溫床，誘發根尖肉芽腫甚至囊腫。
過度機械預備引發嘅結構性損傷不容忽視。鎳鈦器械喺鈣化根管中嘅過度切削可能造成根管壁帶狀穿孔，而超聲蕩洗時參數設置失當會導致根尖孔撕裂，形成難以封閉嘅微滲漏通道。術後冠方封閉嘅完整性決定治療成敗，複合樹脂與牙體組織嘅聚合收縮差異會形成2-5微米嘅邊緣裂隙，成為變形鏈球菌二次定植嘅突破口。對於咬合過緊患者，即使完成全冠修復仍面臨咬合高點導致嘅修復體崩瓷，咁樣嘅問題喺夜磨牙患者中尤為突出。
更隱蔽嘅風險在於細菌生物膜嘅耐藥性進化。根管內嘅糞腸球菌能喺次氯酸鈉沖洗後存活，其形成嘅持留菌群體可分泌多糖基質包裹自身，傳統抗生素難以滲透。這類生物膜喺根尖周形成嘅"細菌庇護所"，可能通過血液迴圈引發全身性炎症反應。
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