牙頜畸形自然不是正常現象，因而不同程度的牙頜畸形對身體都會有影響的。牙頜畸形首先給人們以不美觀的感覺，譬如牙列不整齊，表現出擁擠、重疊、“虎牙”等均可影響面部外形；如有上頜前突，開唇露齒，或下頜前突成為反頜，開頜或深覆合等都會影響面容。
牙頜畸形不僅影響顏面的外形美觀，更主要的是妨礙口腔頜面軟、硬組織的正常發育。兒童時期正是生長發育的主要階段，這個時期如有錯頜或牙齒排列不齊，便會造成頜骨、肌肉的動力平衡失調，失去對頜骨的正常生理刺激，妨礙頜骨及牙弓的生長、發育，使畸形愈來愈嚴重。例如前牙反頜，由於上前牙受下頜前牙的覆蓋，限制了上頜向前發育，使上頜的長度發育不足；相反，活動的下頜骨沒有受到上頜前牙的制約，加以上頜向前發育的力量，又推動下頜過度地向前發育一一下頜增長，致使面部下1/3加長，面部長度就不協調，表現下頜顯著前突，面部的中央則呈凹陷畸形。
牙頜畸形還使牙齒咀嚼功能受到一定的影響，如前牙開頜，上下前牙的切端不能對攏接觸，不能將食物切斷。深覆合使下頜前伸及側方咬合受到限制，也會影響咀嚼功能。牙齒排列稀疏，有較大的間隙時，說話發音也會受到影響。
錯頜畸形，牙列擁擠，排列不齊，容易嵌塞食物，不便於清潔，容易患齲齒、牙齦炎。錯位的牙齒咬合關係不好，咬合時有早接觸，咀嚼時上下牙互相衝撞，牙齒受到不正常的壓力，使牙周組織受到創傷，可發生牙周病變。
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