關於智慧齒阻生原因有眾多解釋，但都認為在人類進化過程中嘅頜骨發育退化為主要原因。如果頜骨沒有足夠嘅生長發育，則不能為全部牙齒正常萌出提供足夠間隙，最後萌出嘅智齒將發生阻生或錯位。各種阻生原因可歸納如下:
(一)頜骨退化
許多學者調查研究證明，頜骨退化與人類嘅進化和文明嘅發展有密切關係，即現代文明水準越高頜骨越退化，致牙齒錯頜與阻生機會越多。在靈長目動物嘅進化過程中，腦嘅發育不斷增大，頜骨嘅發育逐漸減小，而頜骨嘅減小比牙齒嘅減小更快，因此導致現代許多人出現牙齒錯頜和阻生。從人類進化來看，原始人類(例如10-15萬年以前嘅海德堡人、中國猿人、尼安德特人、山頂洞人)無阻生齒可見，現代人類卻出現了阻生齒，並有逐漸增多趨勢，尤以近代人更為突出。原始人類和過原始生活嘅現代人類與現代生活嘅現代人類比較，頜骨有了明顯退化下頜支與領弓嘅長，寬、高均有減小，其中以下頜支寬度和牙槽後退最為明顯。原始人類嘅牙槽前方遠遠超過下頜前下緣，經過長期演化牙槽明顯退縮後而形成了骸部(為人類特徵之一)。 這是因為牙槽骨是牙齒嘅直接支持者，受牙齒功能減退嘅影響最直接，故其退化最多。
咀嚼器官嘅退化是不平衡嘅，其退化大小依次為咀嚼肌、頜骨和牙齒，故牙齒嘅退化不如頜骨和牙槽骨明顯。例如:海德堡人三個磨牙嘅總寬度為3.65cm,近代歐美人為3.26cm海德堡人嘅下頜支寬度 為5.2cm,現代人為3.1- 3.2cm.因此可認為，頜骨、牙槽骨與牙之間退化嘅不平衡，是阻生齒發生嘅根本原因。隨著頜骨退化，牙齒嘅數目也在減少。根據哺乳動物嘅演化規律，人類本來有44個牙齒，即上下頜嘅左右各有3個切牙、1個尖牙、4個前磨牙、3個磨牙。但以後隨著人類進化，第三切牙和第三、四前磨牙已經喪失，將來嘅發展趨勢是將逐漸喪失第二切牙和第三磨牙。
頜骨退化嘅主要原因是:由於人類文明發展使食物日益精細，無需進行費力嘅咀嚼，從而使咀嚼功能減退。這一退化過程經歷了三個不同階段:①當原始人類嘅手具有握持武器和工具能力後，大嘅犬齒(尖牙)減小⑦火嘅發現及熟食後，咀嚼功能減弱，③近代文明嘅發展，食物更加精細，咀嚼功能進一步減弱，使牙齒錯頜及阻生機會更多。
(二)磨耗
有些學者認為現代人牙齒缺少磨耗與牙齒嘅阻生和錯給有一定關係。原始人類嘅牙齒均有高度磨耗。Begg (1954、 1957) 測量澳洲土著人下牙弓嘅長度，由於鄰牙間磨耗，較原來長度減少了14.7mm, 故智齒有充足嘅空間可以萌出，避免了埋伏，阻生，錯位，並且可以避免發生前牙擁擠。他認為這是由於牙齒嘅高度和近遠中寬度不斷磨耗，使後面嘅多數牙齒可依次向近中傾移，從而使智齒得以正常萌出，並且在16歲(牙根形成23一3/4時)即可開始萌出，而現代人類因為牙齒磨耗減少，智齒萌出時間已推遲至18-25歲。
(三)下頜智齒萌出時嘅角度變化
下頜智齒是在下頜支內開始發有嘅，其恰面與下頜平面呈一定角度(前傾角)。要獲得正常萌出，必須經歷一個直立運動。前傾角越小越有利於萌出。在萌出早期前傾角度在10°以下者，大多數能正常萌出。當然，不能以發育早期嘅下頜智齒位置(前傾角)來預測將來嘅牙齒能否正常萌出，因為發育早期，牙冠前傾是發育過程中嘅正常現象，以後隨著牙齒萌出，角度多數可以逐漸轉正。
下頜智齒冠部近中部分與遠中部分，近中根與遠中根嘅生長速度不總是一樣嘅。這種生長速度嘅差異，可能是下頜智齒前傾角改變嘅決定性因素。下頜智齒正常嘅直立運動，似乎是由於牙冠近中部分和近中根生長速度先於成大於牙冠遠中部分和遠中根嘅生長而造成嘅,這時在常規X線片上往往可見到智齒有-向遠中彎曲嘅近中根，且往往較遠中根稍長。如果在萌出過程中，智齒與第二磨牙遠中面抵觸，或牙冠遠中部分和遠中根嘅生長超過牙冠近中部分和近中根嘅生長，則可能導致智齒近中阻生成水準阻生，這時在常規文線片上往往可見到比較長且向近中考曲嘅遠中根。如果在萌出過程中牙冠被阻止向遠中運動，其近中根繼續生長時，則可能出現遠中阻生或垂直陽生，但關於牙齒嘅萌出運動，其原發因素是牙根生長引起或骨生長引起，仍是有爭議嘅，很可能是牙生長和骨生長共同起作用。
(四)遺傳及血統混雜
人類咀嚼器官退化雖為牙內錯和阻生嘅主要原因，但不是唯嘅因素，遺傳和血統混雜亦可能為原因之一，遺傳性狀嘅表現有三種類型:①混合嘅遺傳性狀:由於兩親特徵嘅混合，後代形成新嘅與任一親體不同嘅性狀， ⑦混雜嘅遭傳性狀:後代表現父體和母體兩方性狀嘅混雜，①互斥嘅遺傳性狀:後代表現為某一個親體單獨嘅遭傳性狀。錯和和阻生嘅形成可親嘅上下頜長度不協調，下一代可能出現遠中或近中錯驗，兩親嘅上下頜寬度不配合，下一代可能出現反頜或錯頜，兩親之一為小頜骨，另一為大牙齒，下一代可能出現錯頜和阻生牙。
(五)病理因素
全身疾病成局部病變，無疑在定程度上可影響下頜智齒正常萌出。先天性異常如枕下頜綜合症。
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